Zgodnje obdobje otomanskih vpadov so zaznamovali vpadi velikih enot, tudi po nekaj tisoč in več jezdecev, po letu 1530 pa so Belo krajino bolj ali manj plenili manjši oddelki otomanskih haramij, hajdukov, martolozov in ostalega lahko oboroženega vojaštva. Zadnja večja vpada zabeležena v letih 1575 in 1579 sta prizadela mesto Metlika in bližnjo okolico, ostale Bele krajine pa ne. Izgradnja trdnjave Karlovec leta 1579 je uspešno preprečila nadaljnje vpade in zavarovala Belo krajino, Kočevsko in Dolenjsko, nato pa so bili do konca 16. stoletja postavljeni še obrambni stolpi ob reki Kolpi. Nov obrambni sistem je zavaroval deželo in skozi 17. stoletje otomanskih jezdecev v Beli krajini ne najdemo več. Dežela je počasi stopila na pot obnove.
Za zaščito pred otomanskimi jezdeci in plenilci se je od zadnje četrtine 15. stoletja obnavljalo stara mestna obzidja Metlike in Črnomlja, poleg tega so bili postavljeni tabori na Vinici, v Semiču in po nekaterih drugih vaseh, ki so zaščitili podeželsko prebivalstvo. V sredini 16. stoletja so se na območje naselili Uskoki. Njihove prve skupnosti so prišle v Belo krajino in na Žumberk po letu 1530. Poleg praviloma pravoslavnih Uskokov so v pustote Bele krajine pribežali tudi katoliški Hrvati, s čimer se je močno spremenilo prebivalstvo dežele, njen jezik in kultura.
Prav zaradi teh migracij je kranjski polihistor Janez V. Valvasor v 17. stoletju Belo krajino opisoval kot deželo kjer živijo Kranjci, Hrvatje in Uskoki, in omenjal pogum Uskokov ter velike hrvaške vasi. Veliki verski pretresi 16. in 17. stoletja – pojav protestantske reformacije in sledeče verske nesloge ter vojne – so se dotaknili tudi prostora današnje Bele krajine.
Protestantski pridigarji so s podporo belokranjskega plemstva z veliko vnemo širili svojo krščansko resnico in obljubljali, da bo s širitvijo protestantskih knjig globoko v otomanski imperij končno zavladal mir, sultan bo sprevidel resničnost reformirane vere in se celo spreobrnil. Do zadnjih desetletij 16. stoletja sta tako Metlika in Črnomelj postala povsem protestantska. Zaton reformacije je sledil po letu 1598, ko se je pregnalo protestantske pridigarje, s čimer je bilo onemogočeno njihovo bogoslužje. Protestantizem je bil premagan, zadnji belokranjski protestanti pa so obstali do let 1615 in 1617.
Začetek 19. stoletja je zaznamoval prihod francoske cesarske vojske, ki je za časa Napoleona zavzela območje dežele Kranjske, južne Hrvaške in Dalmacije ter oblikovala t.i. Ilirske province s središčem v Ljubljani. Francoska oblast je spremenila deželno upravo, a ni odpravila močno osovraženega fevdalizma. Obstala je le do leta 1813, ko se je francoska vojska umaknila in z njo so prenehale obstajati tudi francoske Ilirske province. Obnovljena je bila uprava avstrijskega cesarstva. Stari red je obstal do septembra 1848, ko je bil fevdalizem končno odpravljen. Tako so prenehala obstajati stara fevdalna gospostva, ki so pol tisočletja zaznamovala življenje in gospodarstvo celega cesarstva, tudi Bele krajine. Gradovi in plemiči so izgubili svoje podložnike.
Novo upravno središče dežele je postal Črnomelj, kamor je bilo v istem času preseljeno okrajno glavarstvo za celotno Belo krajino. Pričela se je doba modernizacije, v Gradcu postavljen je bil prvi industrijski obrat Bele krajine, železolivarna v lasti Franca viteza Fridaua, kjer se je izdelovalo strelivo na meji z Otomanskim imperijem in vrsto uporabnih kovinskih predmetov za trg. Za potrebe železarne je nastal tudi premogovnik v Kanižarici pri Črnomlju. Dežela je stopila na pot industrijskega razvoja.
Prebivalstvo Bele krajine je v sredini stoletja 19. stoletja naraslo na več kakor 32.000 ljudi, kar je več kot dandanes (okoli 26.000), in dežela je že komajda mogla preživeti lastno prebivalstvo. Bela krajina je bila ob koncu 19. stoletja še vedno izrazito podeželska, od skoraj 30.000 prebivalcev dežele je mesto Metlika štelo 1438, Črnomelj pa 1055 prebivalcev. Meščanskega prebivalstva je bilo manj kot deset odstotkov, pri čemer ni bistveno odstopala od drugih obrobnih delov dežele Kranjske.
Skozi 19. stoletje se je v Beli krajini razširila slovenska narodna misel, pričelo se je preučevati bogato dediščino njenega raznolikega prebivalstva. Čitalnice v Metliki in Črnomlju so širile slovensko besedo in literaturo, ob tem so delovala različna društva, ki so širila uporabna znanja a tudi politično misel in kulturno ter folklorno udejstvovanje.
![1.1s Turki pred Metliko [Neumarkt Moettling Metlika str308] 1.1s Turki pred Metliko [Neumarkt Moettling Metlika str308]](https://www.resortvillagemajer.si/wp-content/uploads/2021/03/1.1s-Turki-pred-Metliko-Neumarkt-Moettling-Metlika-str308-600x400.jpg)
![1.2c Hrvati [Valvasor Slava II str302] 1.2c Hrvati [Valvasor Slava II str302]](https://www.resortvillagemajer.si/wp-content/uploads/2021/03/1.2c-Hrvati-Valvasor-Slava-II-str302-600x400.jpg)
![1.1t Uskoki [Valvasor Slava VI str295] 1.1t Uskoki [Valvasor Slava VI str295]](https://www.resortvillagemajer.si/wp-content/uploads/2021/03/1.1t-Uskoki-Valvasor-Slava-VI-str295-scaled-600x400.jpg)
![1.1u - Mittel Krain [Valvasor Slava VI str209] 1.1u - Mittel Krain [Valvasor Slava VI str209]](https://www.resortvillagemajer.si/wp-content/uploads/2021/03/1.1u-Mittel-Krain-Valvasor-Slava-VI-str209-600x400.jpg)



![1.1x - Livarna Gradac [Belokranjski muzej] 1.1x - Livarna Gradac [Belokranjski muzej]](https://www.resortvillagemajer.si/wp-content/uploads/2021/03/1.1x-Livarna-Gradac-Belokranjski-muzej-600x400.jpg)




