Die osmanischen Einfälle während des 15. Jahrhunderts wurden von großen Militäreinheiten durchgeführt, sogar mehreren tausend oder mehr Reiter. Die Taktik änderte sich nach 1530, als Bela Krajina regelmäßig von kleineren leicht bewaffnete Einheiten der osmanischen Haramia, Hajduks, Martolos und anderen leicht geplündert wurde. Die letzten großen Überfälle, die 1575 und 1579 aufgezeichnet wurden, betrafen die Stadt Metlika und die Umgebung, aber nicht den Rest von Bela Krajina. Der Bau der Festung Karlovac im Jahr 1579 und Aufrichtung der Verteidigungstürme entlang des Flusses Kolpa bis Ende des 16. Jahrhunderts verhinderte weitere Invasionen erfolgreich und sicherte das Gebiet von Bela Krajina, Kočevsko und Dolenjska. Im 17. Jahrhundert findet man in Bela krajina keine osmanischen Reiter mehr. Das Land begann nach zwei Jahrhunderten des Krieges und der Zerstörung zu heilen und sich zu erholen.

Zum Schutz vor osmanischen Reitern und Raubtieren wurden die alten mittelalterlichen Stadtmauern von Metlika und Črnomelj ab dem letzten Viertel des 15. Jahrhunderts wieder aufgebaut. In Vinica, Semič und einigen anderen Dörfern wurden befestigte Siedlungen, sogenannte Tabor-Komplexe, errichtet, um die Landbevölkerung zu schützen. Die Region war gut befestigt und in der Mitte des 16. Jahrhunderts ließen sich die Uskoki oder Wallachi – die orthodoxe Bevölkerung, die sich vor den osmanischen Oberherren und ihrer Unterdrückung aus dem zentralen Balkan zurückzog – in den Dörfern in der Nähe des Flusses Kolpa nieder. Ihre ersten Gemeinden kamen nach 1530 im Bela Krajina und Žumberk. Neben den allgemein orthodoxen Uskoken flohen auch katholische Kroaten in die Sicherheit von Bela Krajina. Die Bevölkerung des Landes, seine Sprache und Kultur wurden grundlegend verändert.

Gerade wegen dieser Wanderungen beschrieb der bekannte Krainer Polyhistoriker Johann Weichard Valvasor im 17. Jahrhundert die Bela Krajina als ein Land, in dem die Krainer (Slowenen), Kroaten und Uskoken (Serben) zusammenleben, und erwähnte den Mut der Uskoken-Kämpfer und die großen kroatischen Dörfer im Süden des Landes. Die großen religiösen Umwälzungen des 16. und 17. Jahrhunderts – das Aufkommen der protestantischen Reformation und die darauffolgenden religiösen Zwistigkeiten und Kriege – berührten auch das Gebiet der heutigen Bela Krajina, jedoch nur für relativ kurze Zeit.

Mit der Unterstützung des Adels von Bela krajina verbreiteten protestantische Prediger ihre neue christliche Wahrheit mit großem Eifer und versprachen, dass mit der Verbreitung protestantischer Bücher tief im Osmanischen Reich endlich Frieden herrschen würde und der osmanische Sultan die Realität und Wahrheit der Reformazion sehen würde und sogar konvertieren. Bis in die letzten Jahrzehnte des 16. Jahrhunderts wurden sowohl Metlika als auch Črnomelj vollständig protestantisch. Der Niedergang der Reformation folgte nach 1598, als die evangelischen Prediger vertrieben wurden. Der Protestantismus wurde besiegt und den letzten Protestanten von Bela krajina wurde 1617 ein Ultimatum gestellt, um zu konvertieren oder aus dem Land ausgewiesen zu werden.

Der Beginn des 19. Jahrhunderts war geprägt von der Ankunft der französischen Grande Armée, die während der Zeit Napoleons das Gebiet von Krain, Südkroatien und Dalmatien besetzte. Die besetzten Gebiete bildeten die sogenannten illyrischen Provinzen mit dem Zentrum in Ljubljana. Die französische Herrschaft veränderte die Provinzverwaltung, schaffte aber nicht den stark verhassten Feudalismus ab. Die Provinzen existierte nur bis 1813, als die französische Armee abzog. Die Verwaltung des Kaiserreichs Österreich wurde wiederhergestellt. Die alte Ordnung dauerte bis September 1848, als der Feudalismus endgültig abgeschafft wurde. Damit hörten die alten Feudalherrschaften auf, die mehr als ein halbes Jahrtausend lang das Leben und die Wirtschaft des gesamten Reiches, einschließlich Bela krajina, geprägt hatten. Schlösser und Adel verloren ihre Untertanen.

Črnomelj wurde das neue Verwaltungszentrum der Region. Die Ära der Modernisierung begann, der erste Industriebetrieb der Bela Krajina wurde in Gradec errichtet, einer Eisengießerei von Franz Ritter von Fridau, in der Munition und verschiedene nützliche Metallgegenstände hergestellt wurden. In Kanižarica bei Črnomelj wurde auch eine Kohlengrube für den Bedarf der Eisenhütte gebaut. Das Land hat den Weg der industriellen Entwicklung eingeschlagen.

Mitte des 19. Jahrhunderts wuchs die Bevölkerung von Bela Krajina auf mehr als 32.000 Menschen an, das sind mehr als heute (rund 26.000), und das Land konnte seine eigene Bevölkerung kaum ernähren. Am Ende des 19. Jahrhunderts war Bela krajina noch ausgesprochen ländlich, von einer Bevölkerung von fast 30.000 hatte die Stadt Metlika 1.438 Einwohner und Črnomelj 1.055 Einwohner. Die bürgerliche Bevölkerung der Bela krajina betrug weniger als zehn Prozent und unterschied sich nicht wesentlich von anderen peripheren Teilen des heutigen Sloweniens.

Während des gesamten 19. Jahrhunderts breitete sich das slowenische Nationaldenken in Bela krajina aus, und das reiche Erbe seiner vielfältigen Bevölkerung begann, studiert und erforscht zu werden. Die »Lesesäle« (čitalnice) in Metlika und Črnomelj verbreiteten die slowenische Sprache und Literatur, und gleichzeitig gab es verschiedene Vereine, die nützliches Wissen sowie politisches Denken und kulturelles und folkloristisches Engagement verbreiteten.